DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2776 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCN(C)C4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2777 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(N5CCN(C)CC5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2778 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(C(=O)Nc2cccc(NC(=O)c3cccc(F)c3)c2)c1C AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2779 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2cccc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c2)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2780 Cc1cc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(N)=O)cc3)[nH]n2)ccc1OCCCN AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2781 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2cccc3c2C(=O)N3C)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2782 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(N)=O)c2)cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2783 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(CCNC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)o3)c2)cc1C AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2784 Cc1ccc(C(=O)Nc2cc(C)c(C)c(C(F)(F)F)c2)cc1CNC(=O)c1ccc(N2CCN(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2785 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)NCC(F)F)CC3)nc2)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2786 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C)c(C(F)(F)F)c2)cc(-c2ccc(N3CCN(C4CC4)CC3)nc2)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2787 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc(-c2cccc(C(N)=O)c2)n1 AlphaDrug 5OD1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2788 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCC2N2CCC(c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2789 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3nc4ccc(Cl)cc4[nH]3)CC2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2790 COc1ccc(S(=O)(=O)NC2CCCC2C(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 5TKJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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