Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2806	CN1CCN(c2ccc(-c3cc4c(Nc5ccc(F)cc5)ncnc4[nH]3)cc2)CC1	AlphaDrug	6HAX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2807	CN1CCN(c2cc(-c3ccccc3)cc(-c3n[nH]c4ccc(C#N)cc34)c2)CC1	AlphaDrug	6HAX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2808	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)C(=O)Nc3cc(Cl)c(C(=O)NCC(C)(C)C(N)=O)cc3Cl)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2809	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)C(=O)Nc3cc(Cl)cc(S(=O)(=O)c4cccc(C(C)(C)C(F)(F)F)c4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2810	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)C(=O)Nc3cc(Cl)cc(S(=O)(=O)c4ccc(F)cc4)c3)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2811	CC(C(=O)Nc1ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc1)N(C)c1cc(N2CCN(CC(C)C(F)(F)F)CC2)nc(C(C)(C)C)n1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2812	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)Nc3cc(C(F)(F)F)nc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n3)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2813	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)C(=O)Nc3cc(Cl)cc(S(=O)(=O)c4ccc(Cl)cc4Cl)c3)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2814	CC(C)C(=O)NC1CCCN(S(=O)(=O)c2cc(F)c(-c3cc(N4CCN(c5ccc(Cl)cc5)CC4)ccc3O)cc2F)CC1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2815	C[SH](C(=O)Nc1cc(C(=N)N)cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)c1ccccc1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2816	Cc1cc(F)cc(N2CCN(CC(C)C(=O)Nc3cc(Cl)cc(S(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4Cl)c3)CC2)c1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2817	CC(CN1CCC(N2CCC(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)CC1)NC(=O)Nc1ccc(C(C)(C)C(=O)NCC(=O)O)cc1	AlphaDrug	4MRE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2818	O=C(NC(=O)N1CCCN(c2ccc(-c3cccc4[nH]c(C(=O)NC5CCC(O)CC5)cc34)cc2)CC1)c1ccc2cccc(Cl)c2c1	AlphaDrug	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2819	O=C(NC1CCC(O)CC1)c1cc2c(-c3ccc(Cc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cccc2[nH]1	AlphaDrug	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2820	O=C(NC1CCC(O)CC1)c1cc2c(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cnc(Cl)c2[nH]1	AlphaDrug	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

2806 to 2820 of 73725 items. Total 4915 pages.