DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2866 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)c4ccc(F)cc4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2867 CN(c1ccc(C2(c3cccc(C(=O)O)c3)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2868 CN1CCC(c2ccc(N(C)c3cccc(-c4ccnc(NC5CCCCC5)n4)c3)cc2)C1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2869 CN(c1cccc(-c2ccc3c(c2)OCCO3)c1)c1ccnc(C2(c3ccccc3)CCCC2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2870 CN(c1ccc(C2=NC(=O)NC2(C)C)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2871 Cc1cccc(CN(C)C(=O)Nc2cccc(C(C)NC(=O)C3CC=CCC3)c2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2872 CN(c1ccc(C2(c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2873 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2874 CN(Cc1ccccc1)c1cccc(-c2ccnc3cc([N+](=O)[O-])ccc23)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2875 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3C=CC=C3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2876 CN(c1ccc(C2(C(=O)O)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2877 Cc1cccc(N2CCC(N(C)C(=O)Nc3cccc(C(=O)O)c3)CC2)c1C AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2878 CN(C(=O)NC1CCCCC1O)c1cccc(-c2cc(N)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2879 Cc1cc(CN(C)C2CCN(c3cccc(-c4[nH]c5cc(F)ccc5c4C)c3)CC2)ccc1Cl AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2880 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4cnc(C5CC5)cc4F)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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