DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2881 CN(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)c1cccc(-c2ccnc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2882 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)c1cccc2c3cccc1CCCCC2CO3 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2883 CN(c1ccc(C2(c3ccc(C(F)(F)F)c(F)c3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2884 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)C1CCN(c2ccc3c(c2)CC(=O)N3)CC1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2885 CN(c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1)c1ccc2cc[nH]c2c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2886 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2887 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(F)cc4)CC3)c2)oc2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2888 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc3ccccc23)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2889 CN(c1ccc(C2=CCCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2890 CN(c1ccc(C2(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2891 CN(c1ccc(C2(c3ccccc3)CCCC2)cc1)c1cccc(-c2ccnc(NC3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2892 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)C4(C(N)=O)CC4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2893 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4cccc(C(=O)O)c4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2894 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)CC(=O)NCC(O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2895 Cc1c(-c2cccc(N3CCC(N(C)Cc4ccc(O)cc4)CC3)c2)[nH]c2cc(F)ccc12 AlphaDrug 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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