DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2941 CCC(NC(=O)c1cc(Cl)c(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCC3C)cc2)c(Cl)c1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2942 CCC(NC(=O)c1cc2cc(O)ccc2o1)C(=O)NCC1CCCCCC1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2943 CCC(NC(=O)c1cc2cc(F)ccc2o1)C(=O)NCC1CCCCCC1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2944 CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)c(C(F)(F)F)c2)no1)C(=O)NC1CCCCC1O AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2945 CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C(C)(C)O)cc2)no1)c1ccc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2946 CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCCCC3)cc2)no1)c1ccc(N2CCCCOCC2)cc1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2947 CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(CNC(=O)C3CCNC3)cc2)no1)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2948 CCC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(Cl)cc2)nn2c(C#CC3CCCCC3)cnc12)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2949 CC(C)c1ccc2cc(C(=O)NCc3ccc(-c4ccccc4)cc3)sc2c1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2950 Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc1Oc1cccc(-c2ccc(O)c(F)c2)c1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2951 CC(NC(=O)C1CCCN1c1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cn1)C(=O)O AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2952 Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc1Oc1cccc(-c2cccc(N3CCOCC3)c2)c1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2953 Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc1Oc1ccc(Cl)c(N)c1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2954 COC(=O)CCC1CCCN(c2ccc(-c3nn(CC4CCN(C(=O)C5CCCCC5)CC4)c4nc(C)ccc34)cc2)C1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2955 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C(=O)NC(C)c1ccc(N)cc1 AlphaDrug 5ZHL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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