Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
2956	Cc1cc2cc(C(=O)NCC3CCCCC3)sc2cc1C(C)C	AlphaDrug	5ZHL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2957	CCn1nc(-c2ccc(C(=O)NCCN(C)C)cc2)cc1-c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5ZHL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2958	Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)cc1Oc1cccc(-c2ccnc(-c3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	5ZHL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2959	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2CC(=O)N2CCC(c3ccc(O)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2960	CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1cccc(OCc2ccc(F)cc2)c1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2961	CC(C)(NS(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1)c1ccc(OC2CCCC2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2962	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)c2ccc(NS(=O)(=O)c3cccc(NC(=O)C4CC4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2963	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2CC(=O)NC2CCCCN2C(=O)CO)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2964	COc1ccc(C(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)OCc2cccc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2965	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2cccc(OCC3CN(C(=O)C4CCCCC4)C=CO3)c2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2966	COc1ccc(CC(C)N2CCC(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1OCC(O)c1ccc(OCC(O)c2ccc(O)cc2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2967	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)C(=O)N(c2ccc(C3=CCCCC3)cc2)C2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2968	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)CC(O)CC(Cc2ccccc2)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2969	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3cc(O)cc(O)c3)CCCC2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
2970	COc1ccc(C(Cc2ccc(O)cc2)Oc2ccccc2C(=O)NC2(c3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)CCCC2)cc1	AlphaDrug	2PQW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

2956 to 2970 of 73725 items. Total 4915 pages.