DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2761 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2762 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(O)(C(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2763 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CC4(C)C)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2764 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3Cc3ncc(C(F)(F)F)cc3C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2765 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)CC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2766 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(O)(C(=N)N)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2767 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC(O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2768 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCN(CC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2769 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(NC3CCCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2770 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(NC(C)=O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2771 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4C=CCC(O)(C(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2772 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2773 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4C=CCCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2774 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C)c(C)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2775 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)NCC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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