DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2731 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(CC5CCCCC5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2732 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2733 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C)c(C4CCCCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2734 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(=O)NC4CCC(C)(O)C4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2735 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC(O)(C(=O)NCC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2736 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCN(S(C)(=O)=O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2737 COc1ccc(C(CN2CCN(C(=O)CC(=O)O)CC2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2738 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCCCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2739 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC(O)(CO)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2740 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCN(C(C)(C)C)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2741 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(O)(c5ccccc5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2742 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC(C(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2743 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCC(O)(C(F)(F)F)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2744 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(O)(C(=O)NCC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2745 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCCNC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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