DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2686 COc1ccc(-c2cnc(C3=CCN(C(=O)CNC(=O)C4CCCC4)CC3)c(-c3ccccc3)n2)cc1 AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2687 COc1ccc(-c2cncc(-n3cc(-c4cc(C(=O)O)ccn4)cn3)c2)cc1 AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2688 COc1ccc(-c2cnc(C(=O)N3CCCC3)c(-c3ccc(N4CCOCC4)c(F)c3)n2)cc1 AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2689 CCc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc2c1ncn2-c1cc(C(F)(F)Cc2ccccc2)ccc1OC AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2690 COc1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1-c1ccc(O)c(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6FSY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2691 COc1ccc(-c2cnc(C(=O)NC3CC(F)(F)C3)c(-c3ccc(C4(N(C)C)CCCCC4)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2692 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NC3CCC(C)(C)N(C)C3)cnc2C(=O)NC2CCNCC2)cn1 AlphaDrug 6FSY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2693 COc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)NC(=O)NC4C=CN(C(=O)N5CCN(C)CC5)CC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6FSY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2694 CC(C)CNC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2695 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12)C(=O)NCc1cccc(O)c1 AlphaDrug 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2696 Cc1ccccc1-c1cccc(CC(NC(=O)C2CCCCC2)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2697 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12)C(=O)NCCCCCCCN=C(N)N AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2698 CC(C)CC(C)N1CCC(C(=O)N(CCc2ccc(C(=O)O)cc2)c2cccc(O)c2)CC1 AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2699 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OC(C)(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2700 CC(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12)C(=O)NCc1cccc(O)c1 AlphaDrug 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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