DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2641 Cc1cccc(Nc2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(C)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2642 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc(Sc4cccc(Cl)c4)no3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2643 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc4cc(Cl)ccc4[nH]3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2644 Cc1cccc(-c2cccc(-c3ccc(CN4CC(C)N(C)C(CCC(=O)O)C4)cc3)n2)c1C AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2645 Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(F)c3)cc(N3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)n2)cc1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2646 CC1CN(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)CCC1Nc1nc2ccccc2c(=O)[nH]1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2647 CC1CCC(c2cnc(Cl)cn2)CN(Cc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)C1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2648 CC1CC(C(=O)NCCN(C)C)CN(Cc2ccc(N3CCN(Cc4ccccc4)CC3)cc2)C1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2649 CC1CN(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)CC1c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2650 CC1CCC(Nc2nc3ccccc3s2)CN(Cc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)C1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2651 CC(c1ccc(C(N)=O)cc1)N1CCC(n2c(=O)[nH]c3cc(Cl)ccc32)CC1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2652 CC1CN(c2ccc(Cl)c(Cl)c2)Cc2ccc(cc2)C2(C)CC=CC=CC2(O)C1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2653 CC1CCC(Nc2nc3cc(F)ccc3[nH]2)CN(Cc2ccc(-c3ccccc3C(=O)O)cc2)C1 AlphaDrug 6EJ2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2654 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(N(C)CCN4CCOCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2655 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c4cccc5ccccc45)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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