DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2596 COc1ccc(-n2nc(C3CC3)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(N)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZG0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2597 COc1ccc(-n2nc(C(C)(C)C)cc2NC(=O)Nc2ccc(Oc3ccnc(OC)c3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5ZG0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2598 CC(Nc1cc(-c2cccc(F)c2)ccc1F)C(=O)NC1CCN(c2cccc(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2599 CN(C)C(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc2C(N)=O)CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2600 CC(Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1Cl)C(=O)NC1CCN(c2nccs2)CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2601 CC(Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1F)c1ccnc(NC2CC2)n1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2602 CC(Nc1cc(-c2cccnc2)ccc1F)C(=O)NC1CCN(C(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3)c2)CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2603 CC(Nc1cc(C(=O)Nc2cncc(N3CCCC3)n2)ccc1F)c1ccccc1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2604 CC(Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1F)C(=O)NC1CCN(c2c[nH]c3ccc(Cl)cc23)CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2605 CC(Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1F)C(=O)NC1CC1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2606 CC1CN(C(=O)CN(C)C)CCN1C(=O)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2607 CC(Nc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1F)C(=O)NCC1CCCCN(C(=O)c2c[nH]cn2)C1 AlphaDrug 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2608 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc3ccccc3c(OC)c2=O)cc1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2609 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2610 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)c(C)c1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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