DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2626 O=C(Nc1cccc(C(O)O)c1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2627 OC(CN1CCN(c2ccc(-c3cncc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cn2)CC1)c1cccc(F)c1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2628 CNC(=O)COc1ccc2c(c1)OCC(C)(C)NC(=O)c1ccccc1C2 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2629 CNC(=O)COc1ccc(COc2ccc3c(c2)CCCCC3)c2ccccc12 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2630 CNC(=O)C1(C)CCC(c2ccc(CC(C)(C)C)cc2)C1 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2631 CNC(=O)COc1ccc(COc2ccc3c(c2)C(c2ncccc2C)CCC3)cc1 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2632 CNC(=O)COc1ccc(COc2ccc3c(c2)CCC(O)CCC3)cc1 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2633 CCn1nc(-c2ccc(-c3ccc(C(C)(C)O)cc3F)cc2)cc1C(=O)NCC(C)C AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2634 CNC(=O)COc1ccc(COCC(C)C)c2ccccc12 AlphaDrug 5HU9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2635 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3cccc(Cl)c3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2636 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)n[nH]3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2637 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC2C(O)CC(OC(=O)c3cccc(Cl)c3)CC2O)cc1 AlphaDrug 5ITO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2638 Cc1cccc(CN2CCC(OCc3ccc(C#CCc4cccc(Cl)c4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2639 Cc1ccc(Cn2cc(-c3cccc(C(=O)NS(=O)(=O)c4cccc(Cl)c4)c3C)nn2)cc1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2640 Cc1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(Nc3nc(-c4cccc(Cl)c4)n[nH]3)CC2)c1 AlphaDrug 5ITO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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