DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2656 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2657 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3cc(C(=O)NCc4ccccc4)ccc3O)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2658 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c4cncc(N5CCN(c6cccc(Cl)c6)CC5)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2659 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)Nc4cccc5ccccc45)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2660 CC(C)CC(CO)NC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2661 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2662 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(-c3ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c4cncc(C(=O)O)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2663 CC(C)Cc1ccc(-c2cccc(S(=O)(=O)C(=O)C3CCC(NC(=O)C(Cc4ccccc4)NS(C)(=O)=O)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 6T1L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2664 CC(C)N(c1cc(C(=O)NCCO)cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1)C1CCCCCC1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2665 CC(C)N(c1cc(-c2ccc(C(C)(C)C)cc2C(=O)N2CCOCC2)cc(-c2ccccc2)c1O)C1CC=CCCC1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2666 CC(C)c1cccc(NC2(c3cccc(OCC(=O)O)c3)CCCCC2)c1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2667 CC(C)N(c1cc(-c2ccccc2Cl)cc(-c2ccccc2)c1O)C1CCCCCC1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2668 Cc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)NC3CCCCCC3)CC2)cc1N(C(C)C)C1CCCCCC1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2669 CC(C)N(c1cc(-n2cnc3ccccc32)cc(-c2ccccc2)c1O)C1CCCCCC1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2670 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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