DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2716 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(C)(C)C)CC(=O)NC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2717 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCOCC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2718 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CC4(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2719 COc1ccc(C2CCC(N(C(=O)NCC(=O)O)C3(c4ccc(F)cc4)CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2720 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)CN5CCOCC5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2721 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2722 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(CN4CCC(O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2723 COc1ccc(C(CN2CCN(C(=O)CCC3(C)CCN(CC(=O)O)CC3)CC2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2724 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCC(C(C)(C)C)NC(=O)NC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2725 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(C)(C)C)C/C(N)=N\C4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2726 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(CC(O)CC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2727 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(CC(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2728 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C4CCN(C(=O)O)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2729 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2730 COc1ccc(C(C)Nc2cc(N=C(N)N)cc(-c3ccc(C)c(F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4KCQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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