DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2611 CCOC(=O)c1cccc(OCC(=O)Nc2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)c1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2612 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)cc2-c2ccccc2)cc1C AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2613 CCC1=CN(c2ccccc2)Cc2ccc3ncccc3c2C1=O AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2614 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nc(C(=O)O)nc2-c2ccccc2C)cc1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2615 CCOC(=O)c1ccc(O)c(Sc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 6JAN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2616 CCOS(=O)(=O)Nc1cccc(Cn2nc(C(=O)O)c3ccc(-c4ccccc4)cc32)c1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2617 CCOC(=O)c1ccc(Cn2nnc3ccc(C(=O)O)cc32)cc1 AlphaDrug 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2618 Oc1cccc(C2(c3ccc4ccccc4c3)CCN(CC(O)c3cccc(Cl)c3)CC2)c1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2619 CC(C)(C)OC(=O)Nc1ccc(-c2ccc3cccc(CC(=O)O)c3c2)cc1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2620 OC(CN1CCC(O)(c2cccc3ccccc23)CC1)c1cccc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2621 OC(CN1CCC(O)(c2cccc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc23)CC1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2622 Oc1ccc(O)c2cc(C3(O)CCN(CC(O)c4cccc(Cl)c4)CC3)ccc12 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2623 NC(=O)C1CCN(CC(O)c2ccc(-c3cccc(-n4nnc(C5CCCCC5)n4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4CST ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2624 OC(CN1CCC(O)(c2cccc3ccccc23)CC1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2625 Oc1cccc2ccc(C(O)CN3CCCC(O)(c4ccccc4)CC3)cc12 AlphaDrug 4CST ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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