DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
2566 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6H2Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2567 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(F)c(O)c(Cl)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6H2Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2568 CC(=O)C(NS(=O)(=O)c1ccc(C(C)C)cc1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6H2Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2569 CC1=C(C)N(S(=O)(=O)c2ccc(C(C)C)cc2)CCC(OC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)C1 AlphaDrug 6H2Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2570 Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)NC3CC(C)c4ccccc43)c3ccccc23)cc1C AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2571 CC1CC(c2cccc(NC(=O)c3cc(-c4cccc(F)c4)ncn3)c2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2572 CC1CC(c2ccc3nc(-c4ccccc4)[nH]c(=O)c3c2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2573 CC1CC(c2ccccc2)N(C(=O)NC(=O)c2cc(Cl)cc(-c3ccc(Cl)cc3)c2O)CC1O AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2574 Cc1cccc(F)c1C(=O)Nc1nc2ccc(C3CC(C)Oc4ccccc4C(=O)N3)cc2s1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2575 CC1CC(c2ccc3nc(NC4CCNCC4)sc3c2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2576 CC1CC(c2ccc3nc(-c4ccc(F)cc4)[nH]c3c2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2577 CC1CCC2=C(CCC3=C(CCc4ccccc4)C(OCC(=O)NCC(O)c4ccc(N(C)C)cc4)=C3O2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2578 CC1CC(c2ccc3nc(-c4cccc(N5CCCC5)c4)[nH]c3c2)NC(=O)c2ccccc2O1 AlphaDrug 4R4I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2579 CC(=O)N1C=CC(Nc2cc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)ccc2OCC(=O)O)CC1 AlphaDrug 5IKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
2580 O=C(Nc1cc(-c2cccc([N+](=O)[O-])c2)c2ccccc2c1)c1ccc2c(c1)CCCO2 AlphaDrug 5IKB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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