Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
31741	CC(=O)NC(=O)C(=O)O	Pocket2Mol	4QFL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31742	NCOC1C(O)OC=C(CO)C1O	Pocket2Mol	4QFL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31743	O=C(O)CCC(CCO)CC(=O)O	Pocket2Mol	4QFL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31744	COC1=CC2=C(C=C3NC(CCCCCCCC(NC(=O)CCO)C(N)=O)=NC(CC4CCNC4)=C3C2)OC1	Pocket2Mol	4ZL4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31745	N=C1NCCCCCCCCC2=NC(=C3CC4=C(C=C3N2)OCCC4=O)CCCCNc2nc(=O)c(c[nH]2)CN1	Pocket2Mol	4ZL4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31746	O=C1CCC2=C3CC4=C(C=C3NC(=N2)CCCCCCCC2CCCN2C(=O)NCC(=O)N1)OCc1cc(O)ccc14	Pocket2Mol	4ZL4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31747	O=C1CCOC2=C1CC1=C3CCCCNc4nc(=O)c(c[nH]4)CNNCCCCCCCCC(=N3)NC1=C2	Pocket2Mol	4ZL4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31748	CC1=C2CC=C(Cc3ccncc3)C(=O)N2CC1=O	Pocket2Mol	5L9I	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31749	O=C1N=CCC=C1N1CC(O)C(C(=O)O)C1	Pocket2Mol	5L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31750	O=C1C(CCCCO)=CC(O)C2CCC(O)CN12	Pocket2Mol	5L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31751	CCC1C=NC(=O)C(NC(=O)c2ccccc2O)C1	Pocket2Mol	5L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31752	O=C1C(CC2=CC=NC2)=CCC2=C(CO)C(O)CN12	Pocket2Mol	5L9I	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31753	O=C1N=CC=C=C1N1CC(O)C(O)C1	Pocket2Mol	5L9I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31754	C=C(C)C1=C2CC=C(CC3=CC=NC3)C(=O)N2CC1	Pocket2Mol	5L9I	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
31755	CN1C=NC(N)=C2CCC(=O)N=C21	Pocket2Mol	6NP5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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