DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31726 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31727 O=c1cccc2n1Cc1ccccc1C2 Pocket2Mol 4NBK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31728 CC1=C=Nc2ncnc3cc(C)nc1c23 Pocket2Mol 4NBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31729 CC1CCC2C3=C4c5c(ccc6c5-c5c(nnc7c5N4C(=NC31)C1=C7NC(=O)C1)C1C=CC=C=C61)C2(O)O Pocket2Mol 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31730 O=C(O)C1C=c2c(=O)c3c(O)ccc4nnc5c(c43)n2C(C1)C1CCN=C51 Pocket2Mol 5CAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31731 O=C(O)C1CC2C3=CCN=C3c3nnc4cccc5c4c3N2c2c-5cccc21 Pocket2Mol 5CAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31732 CC1CCC2C3=C4c5c(ccc6c5-c5c(nnc7c5N4C(=NC31)c1cc[nH]c1-7)C1C=CC(=O)CC61)C2(C)O Pocket2Mol 5CAS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31733 CC1COC2=C=c3oc4c5c6c7c(nnc8c7-n7c(c3=6)=C2C1N=c7c1cc[nH]c81)C1C=CC(=O)C(=CC4)C51 Pocket2Mol 5CAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31734 COc1ccc2nnc3c4c2c1CC1=CC(C(=O)O)CC(C2CCN=C32)N14 Pocket2Mol 5CAS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31735 CC(N)=Cc1cc(N)c(O)c(O)c1 Pocket2Mol 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31736 Nc1cc(C(=O)O)cc(O)c1O Pocket2Mol 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31737 CCCCC1CC(O)OC1C=O Pocket2Mol 4QFL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31738 COC1=COC(O)C(OCN)C1O Pocket2Mol 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31739 O=C(O)CC(O)(CCO)CC(=O)O Pocket2Mol 4QFL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31740 O=C(O)CC(CC(=O)O)CC(=O)O Pocket2Mol 4QFL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31726 to 31740 of 73725 items. Total 4915 pages.