DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31696 COc1cccc(C(=O)N2CCCCC2)c1 Pocket2Mol 4P6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31697 O=C(c1cccc2ccccc12)N1CCCC1 Pocket2Mol 4P6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31698 Cc1cccc(C(=O)N2CCCC2)c1 Pocket2Mol 4P6W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31699 CCCC1C(O)C2OC3=CC4N=C(O)NC=C4C=C3CN1C1=NC=C3CC(O)CC4=C3N1C1C(CCC21)C4 Pocket2Mol 6DH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31700 CC(=O)CC1C(O)C2Oc3cc4c(cc3CN1C1=NC=C3CC(N)C(=O)C5=C3N1C1C(CCC21)C5)=CC(O)C=4O Pocket2Mol 6DH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31701 CC(=O)CC1C(O)C2CC3=C4C(=O)NC(=O)C=C4C=C3CN1C1=NC=C3CC(N)=CC4=C3N1C1C(CCC21)C4C Pocket2Mol 6DH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31702 CCCC1C(O)C2OC3=CC4C=C(OC)C=C4C=C3CN1C1=NC=C3CC=CC4=C3N1C1C(CCC21)C4 Pocket2Mol 6DH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31703 CCn1ccnc1 Pocket2Mol 5MBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31704 Cn1ccnc1N Pocket2Mol 5MBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31705 O=COCC(=O)O Pocket2Mol 5MBY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31706 O=Cc1ccon1 Pocket2Mol 5MBY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31707 Cc1cncc(Cc2ccc(CNc3cccc(C)c3)cc2)c1 Pocket2Mol 5N3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31708 Cc1ccc2c(c1)NCc1ccc(Cc3cn(C)c(C)n3)cc1CO2 Pocket2Mol 5N3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31709 O=C(NCc1ccc2c(c1)CCn1nc3ccncc3c1C2)C1CCCC1 Pocket2Mol 5N3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31710 Fc1cccc(F)c1CNc1ccccn1 Pocket2Mol 5N3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31696 to 31710 of 73725 items. Total 4915 pages.