DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31636 CC1C=C2C3C(=N1)N=CN=C3N(C)C(=O)N2C Pocket2Mol 5UT6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31637 Cc1c2c3ccccc3c3cnccc3c2nn1C Pocket2Mol 5UT6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31638 CC1=C2N(C)C3=CC(C)N=C4N=CN=C(C34)N2CC1 Pocket2Mol 5UT6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31639 Oc1cnc2cccc3c2c1C1=NN=C=C1C3 Pocket2Mol 5UT6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31640 O=C(O)c1cc2ccccc2c(=O)o1 Pocket2Mol 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31641 O=C(O)c1cc(C(=O)O)oc(=O)c1 Pocket2Mol 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31642 O=C(O)C1C=C(O)C(O)C(C(=O)O)C1 Pocket2Mol 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31643 O=C(O)C1=CC(C(=O)O)C(O)C(O)=C1 Pocket2Mol 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31644 Cc1ccc(C(=O)O)cc1 Pocket2Mol 5WE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31645 NC(=O)Cn1c(-c2cccc(F)c2)nc2ccc3c(c21)CCC(N1C(=O)CCCC1=O)=C3 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31646 CCC(=O)Nc1cc2ccc3nc4n(c3c2cc1O)C(CN(C)C)CNc1cocc1-4 Pocket2Mol 6B5Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31647 CCC(=O)Nc1cc2ccc3nc4n(c3c2cc1O)C(CN(C)C)NNc1cocc1-4 Pocket2Mol 6B5Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31648 CCC(=O)N(C)c1ccc2c(ccc3nc(-c4cccc(F)c4)n(CCNC(C)=O)c32)c1 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31649 NC(=O)Cn1c(-c2cccc(F)c2)nc2ccc3cc(N4C(=O)CCCC4=O)ccc3c21 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31650 NC(=O)Cn1c(-c2cccc(F)c2)nc2ccc3c(c21)CCC(n1c(=O)cc[nH]c1=O)=C3 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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