DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31651 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31652 NC(=O)Cn1c(-c2cccc(F)c2)nc2ccc3cc(N4C(=O)C=CCC4=O)ccc3c21 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31653 NC(=O)Cn1c(-c2cccc(F)c2)nc2ccc3c(c21)CCC(N1C(=O)C=CCC1=O)=C3 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31654 CCC(=O)Nc1cc2ccc3nc4n(c3c2cc1O)C(CN(C)C)CNC1=C=COC=C14 Pocket2Mol 6B5Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31655 CC1(c2cc(O)ccc2O)CCCC1 Pocket2Mol 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31656 Cc1cccc(CC(N)=O)c1 Pocket2Mol 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31657 Oc1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1 Pocket2Mol 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31658 Cc1ccc(-c2cccc(O)c2)cc1 Pocket2Mol 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31659 COCCCC(=O)OC Pocket2Mol 5CT2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31660 NS(=O)(=O)C1=CC=C(n2ccc3nc(=O)ccc-3c2)CS1 Pocket2Mol 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31661 Cc1cn(C(=O)O)c(Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)n1 Pocket2Mol 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31662 NS(=O)(=O)c1ccc(N2C=C3CC=CC=C3CC2=O)cc1 Pocket2Mol 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31663 NS(=O)(=O)C1=CC=C(N2C=C3C=CC=CC3C=C2O)C=[SH]1 Pocket2Mol 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31664 NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCc3ccccc3C2)c(F)c1 Pocket2Mol 5E2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31665 CC1=CN(C2=CC=C(S(N)(=O)=O)[SH]=C2)C(O)CC1=O Pocket2Mol 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31651 to 31665 of 73725 items. Total 4915 pages.