DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
31666 CC1=CC2=CN(C3=CC=C(S(N)(=O)=O)SC3)C=CC2CC1 Pocket2Mol 5E2R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31667 O=C1NN=C2c3cncc(O)c3NC(=O)C12 Pocket2Mol 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31668 NC1=NN2CC(N)=C3COC(=O)CC4=C3C2C(=C2OCCC42)C1 Pocket2Mol 4P5D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31669 O=NC1=C2CC(O)=C(O)C(NCCC(=O)O)=C2c2ccnn2C1 Pocket2Mol 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31670 O=C1Nc2c(O)cncc2C2=NNNC12 Pocket2Mol 4P5D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31671 O=C(O)CN(CNc1n[nH]c2ncccc12)C(=O)OCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O Pocket2Mol 5EXW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31672 O=C(O)CN(CNc1n[nH]c2ncncc12)C(=O)OCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O Pocket2Mol 5EXW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31673 O=C(O)CN(CNC1=NC(=O)c2ncccc21)C(=O)OCCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O Pocket2Mol 5EXW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31674 c1cnc2ncncc2c1 Pocket2Mol 5EXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31675 O=c1[nH]c2c3c(nnc-3c3ccncc13)N=CC2 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31676 CC1=NN=C(c2ccncc2)C1 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31677 Oc1ccc2ccc3c4c(nnc-4c2c1)N=CC3 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31678 CC1=Cc2cnc3c4c2C(=CC=CC4C(=O)N3)N1 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31679 Cc1ccnc2ncc3c(O)c(O)c(O)cc3c12 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
31680 Cc1cc2c3cccnc3ncc2c2ccnn12 Pocket2Mol 4U43 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

31666 to 31680 of 73725 items. Total 4915 pages.