DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35581 CC1=CC=C2C(=O)N(C)C(=O)NC2(CCC(=O)O)C=C1 Pocket2Mol 6QMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35582 O=c1c2cccc(O)c2nc2n1Cc1cccc3c1N2c1cc2cccc(F)c2cc1C3 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35583 O=c1c2ccccc2nc2n1Cc1cccc3c1N2c1cc2cc(F)ccc2cc1O3 Pocket2Mol 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35584 O=c1c2cc(F)ccc2nc2n1Cc1cccc3c1N2c1cc2cccc(F)c2cc1C3 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35585 Cn1ccc2cc3c(cc2c1=O)Cc1cccc2c1N3c1nc3ccccc3c(=O)n1C2 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35586 O=C1CCCC2=CC3C(C=C12)Cc1cccc2c1N3c1nc3ccc(F)cc3c(=O)n1C2 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35587 O=c1[nH][nH]c(=O)c2cc3c(cc12)Cc1cccc2c1N3c1nc3ccccc3c(=O)n1C2 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35588 O=c1c2ccccc2nc2n1Cc1cccc3c1N2c1cc2c(O)ccc(O)c2cc1O3 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35589 COc1ccc2nc3n(c(=O)c2c1)Cc1cc(C)ccc1N3c1ccc2c(c1)CCCC2 Pocket2Mol 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35590 O=C1CCCC2=CC3C(C=C12)Cc1cccc2c1N3c1nc3ccccc3c(=O)n1C2 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35591 Cc1ccc2nc3n(c(=O)c2c1)Cc1cccc2c1N3c1cc3cc(F)ccc3cc1O2 Pocket2Mol 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35592 O=C1CNC(=O)c2cc3c(cc21)N1c2c(cccc2Cn2c1nc1ccccc1c2=O)C3 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35593 Cc1cc2c3c(c1)Oc1cc4c(F)cccc4cc1N3c1nc3ccccc3c(=O)n1C2 Pocket2Mol 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35594 CCC(Nc1ccc(C(=O)O)cc1O)C(=O)O Pocket2Mol 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35595 CNC(=O)c1cccc(NC2CCCC2)c1O Pocket2Mol 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35581 to 35595 of 73725 items. Total 4915 pages.