DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35611 O=c1cc2c(O)cc3c(F)ccc4c5ncc6ccc1c(n65)n2c34 Pocket2Mol 5A2I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35612 O=C(O)c1ccc(N2CCCC2)cc1 Pocket2Mol 5A2I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35613 O=C1CCC2(C(=O)OCCCCO)C3CC4=C(CC5Cc6ccccc6CC5=C4O)C(C3)CC12 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35614 O=C(OC1CCCC1CO)C12CCCC1C1CC2CC2=C1CC1Cc3ccccc3CC1=C2 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35615 O=CCC1CCN(C(=O)CC2CC3c4cccc5c4C(Cc4ccccc4-5)C(O)C3C=C2O)C1 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35616 O=C(CC1CC2c3cccc4c3C(Cc3ccccc3-4)C(O)C2C=C1O)N1CCC(CCO)C1 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35617 O=C(CC1CC2COC3=C2C(C1)c1cccc2c1C3Cc1ccccc1-2)N1CCC(CCO)C1 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35618 CC1(C(=O)OCCC(=O)O)CC2CC1CC1=C2CC2Cc3ccccc3CC2=C1 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35619 O=C1CCC2(C(=O)OC3CCCC3CO)C3CC4=C(CC5Cc6ccccc6CC5=C4)C(C3)C12 Pocket2Mol 5XMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35620 CC1C=CCC(C(=O)O)=C1 Pocket2Mol 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35621 Cc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35622 Cc1ccc2ccc(O)cc2c1 Pocket2Mol 4PG9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35623 NC1CCCCC1 Pocket2Mol 4PG9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35624 CNC(=O)N(C)CCOc1ccc(-c2cc3c4c(cc(C)cc4c2)C2CCCc4cccc-3c42)cc1 Pocket2Mol 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35625 CNC(=O)N(C)CCOc1ccc(-c2cc3c4c(cc(C)cc4c2)C(C)(C)c2ccccc2-3)cc1 Pocket2Mol 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35611 to 35625 of 73725 items. Total 4915 pages.