DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35626 CCC1C2=C(CCC1(C)C)c1cc(-c3ccc(CNCC(C)C)c(O)c3)cc3cc(C)cc(c13)C2 Pocket2Mol 4V24 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35627 CNC(=O)N(C)CCOc1ccc(-c2cc3c4c(cc(C)cc4c2)C(C)(C)c2c(O)cccc2-3)cc1 Pocket2Mol 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35628 Cc1ccc2c(C)c(CC(C)C)c(C)cc2c1 Pocket2Mol 4V24 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35629 CNc1nc2ncc(C3C=C(C(=O)OC)OCN3)cc2cc1N1CCCCC1 Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35630 CNc1nc2ncc(C3=CCOC(C(=O)OC)=C3)cc2nc1N(C)CCO Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35631 CNc1nc2ncc(C3C=NOC(C(=O)OC)=C3)nc2nc1N1CCCC1 Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35632 CNc1nc2ncc(C3=CCOC(C(=O)OC)=C3)cc2cc1N1CCOCC1 Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35633 CNc1nc2ncc(C3C=C(C(=O)OC)OCC3)cc2cc1N1CCCCC1 Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35634 CNc1nc2ncc(C3C=NOC(C(=O)OC)=C3)cc2nc1N1CCCC1 Pocket2Mol 5NK2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35635 NC(=O)c1ccccc1Nc1ccc(C2=NN=C=C2)cc1 Pocket2Mol 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35636 O=C(O)c1ccccc1Nc1c(O)ccc2ccccc12 Pocket2Mol 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35637 NC(=O)c1ccccc1Nc1ccnc2c1C(=O)OCO2 Pocket2Mol 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35638 Cc1ccc(O)c(O)c1O Pocket2Mol 5VCZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35639 C1=CC=CN=1 Pocket2Mol 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35640 CCc1c2c(=O)ncc3cc4c(c(F)c3c2nn1C(C)=O)C=C1CCC(O)Cc2c1c(cn2C)C4 Pocket2Mol 4R4C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35626 to 35640 of 73725 items. Total 4915 pages.