DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35716 Cc1cccc(C(=O)O)c1-c1cc(C(=O)O)n2c1C(C)(C)CCC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35717 Cn1c(=O)c2ccccc2c2cc(O)ccc21 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35718 Cc1ccc(CO)cc1CCCCN1C(=O)COc2c(O)cccc21 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35719 CC1c2c(-c3ccc(F)cc3)cc(-c3ccc(O)cc3O)n2CCC1(C)C Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35720 Cc1cccc(C(=O)O)c1-c1cc(C(=O)O)n2c1C(C)CCC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35721 Cc1ccc(C)c(CCCCN2CCCC(C(=O)O)C2=O)c1 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35722 OC1CCC2CCC3CCC4C(O)CC1=C2N34 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35723 CC1(C)CCN(CCC(=O)O)CC1C(=O)O Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35724 CC(C)(C)c1ccc2c(n1)C1C(=CC=C2)C2CCC3CCC1(C(=O)O)CC32 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35725 Cc1ccc(O)c(-c2cc(-c3ccccc3)c3n2CCC(C)(C)C3C)c1 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35726 Cc1ccc2c(c1)C(C1CCC(C)(C)CN1C)C=NC2 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35727 CC1N=C(CC(=O)O)N2CCCCC12 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35728 Oc1ccc(O)c(-c2cc(-c3ccccc3)c3n2CC2CCC3CC2)c1 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35729 O=C1CC(C(=O)O)c2cccc(c2)-c2cccc(CO)c2OC(=O)CN1 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35730 CN(C)C(=O)CC1NCCN2CC3OCC(=O)NCC3CC12 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35716 to 35730 of 73725 items. Total 4915 pages.