DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35776 COC(=O)C(CC(=O)NC(C)=O)c1cccc(-c2ccccc2)c1 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35777 CC1C=C2C=CCC3CCN4C(=O)CC(F)(C(=O)O)C1C4=C23 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35778 CC=Cc1cc(-c2ccccc2-c2ccccc2)c2n1CCC(C)(C)[C@@H]2C Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35779 O=C1NC2CCc3ccc4c(c32)N2C1OC1OC=CC(C4)C12 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35780 O=C1CCN(CCO)C2(C(=O)O)C1=CC1=CCc3cccc2c31 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35781 CC1(C)C=CC2=C3CC4(C)CCCC4C(=O)N3CC3C4CC(CO4)C1C23 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35782 CC(C)Nc1cccc2c1c(=O)n(C)c1ccccc21 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35783 CC1C(=O)CC2(O)C3=C4C(CC(=O)C3=O)C3(C)CCCC3C(=O)N4CC12 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35784 CC1CC2=CC(O)CC3CCN4C(=O)CC(F)(C(=O)O)C1C4=C23 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35785 O=C(O)c1ccc2c3c1NC(=O)C1CC(O)C(CC2)N31 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35786 Cc1ccccc1-c1cc(-c2c(O)cccc2O)n2c1C(C)C(C)(C)CC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35787 Cc1ccccc1 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35788 Cc1ccc(CO)cc1CCCCN1C(=O)CCc2ccccc21 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35789 CN=C1CCCCC1 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35790 COCC=C1C=CC=CC1 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35776 to 35790 of 73725 items. Total 4915 pages.