DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35836 N=C(N)c1ccc2c3ccccc3occ1-2 Pocket2Mol 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35837 Nc1nc2cc3c4cc(O)c(O)c(O)c4[nH]c4c5cccc6c7c8c(ccc9c8c(c65)c4n3c2n19)C=CC7 Pocket2Mol 6HK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35838 Nc1nc2cc3n4c5c(c6cccc7c8c9c(ccc(c9c5c76)n1c24)C=CC8)Cc1c-3cc(O)c(O)c1O Pocket2Mol 6HK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35839 O=C1CCCN(C2=CC=CC2)C(=O)C1 Pocket2Mol 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35840 O=C1CC(=O)N(c2ccccc2)CC(=O)N1 Pocket2Mol 5DX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35841 Nc1c2c3c(nc4c3c(c3ccnc13)=CCC4)C=CC2 Pocket2Mol 5DX4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35842 C1=CC2=NC=C3CCCCC(=C32)C1 Pocket2Mol 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35843 CC(C)c1cc2c3c(coc3c1)-c1cc3cc4c5c(ccc4cc3cc1O2)-c1cc(O)ccc1OC5 Pocket2Mol 6RTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35844 O=C(O)CCc1ccc2c(c1)Oc1cc3cc4ccc5c(c4cc3cc1C2)COc1ccc(O)cc1-5 Pocket2Mol 6RTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35845 CC(C)C1=Cc2oc3cc4cc5ccc6c(c5cc4cc3c3ccc(c2-3)C1)COc1cc(O)c(O)cc1-6 Pocket2Mol 6RTW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35846 c1ccc(OCOc2ccc3cc4cc5c(cc4cc3c2)COc2ccccc2-5)cc1 Pocket2Mol 6RTW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35847 c1nncc2c1CC1CCCCN21 Pocket2Mol 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35848 c1nncc2c1CC1CNCCN21 Pocket2Mol 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35849 CCCc1cccc2cc(N)[nH]c12 Pocket2Mol 3WTM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35850 c1nnnc2c1cc1n2CCCC1 Pocket2Mol 3WTM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35836 to 35850 of 73725 items. Total 4915 pages.