DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35821 O=C(O)C(=O)O Pocket2Mol 5T19 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35822 Nc1ncncc1CCC(OC(=O)C(=O)CO)C(=O)O Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35823 Nc1ncncc1CCC(OC(=O)C(=O)O)C(=O)O Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35824 Nc1ccc(C2CC(O)C(CO)(OCC(=O)O)C2)cn1 Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35825 Cc1nc(O)ccc1CCC(OC(=O)C(=O)O)C(=O)O Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35826 O=C(O)OC(O)COC1CC(c2cccnc2)CC1O Pocket2Mol 6JDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35827 NC(=O)OC(O)COC1CC(c2cccnc2)CC1O Pocket2Mol 6JDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35828 CC1(OCC(=O)O)CCC(c2cccnc2)C1 Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35829 CC1CCC2(C(=O)O)OC(c3cnc(N)cc3F)=CC12 Pocket2Mol 6JDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35830 Nc1ncc(C2CC(O)C(CO)(OCC(=O)O)C2)cn1 Pocket2Mol 6JDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35831 COc1cc(O)cc2c1oc1c3cccc4c5c6c(ccc7c6c(c43)c1n1c2cc2nc(N)n7c21)C=C=C5 Pocket2Mol 6HK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35832 O=C1C=C2c3cc(C(=O)O)ccc3-n3cnc4cc(-c5ccccc5O)n(c43)C2N1 Pocket2Mol 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35833 Nc1nc2cc3c4ccccc4[nH]c4c5cccc6c7c8c(ccc9c8c(c65)c4n3c2n19)CCC7 Pocket2Mol 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35834 Nc1nc2cc3c4cc(O)c(O)c(O)c4oc4c5cccc6c7c8c(ccc9c8c(c65)c4n3c2n19)C=CC7 Pocket2Mol 6HK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35835 COc1ccc2oc3c4cccc5c6ccc(=O)c7ccc8c(c76)c(c54)c3n3c(cc4nc(N)n8c43)c2c1 Pocket2Mol 6HK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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