DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
35731 CCCc1cc2c3c(n1)C1C(=CCC3CCC2)CC2CC1(C(=O)O)CCC2C Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35732 C1CCCCC1 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35733 Cc1cccc(C(=O)O)c1-c1cc(C(N)=O)n2c1C(C)CCC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35734 CC(C)CNC(=O)C1N2CCC3CNC1(C(=O)O)CC3C2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35735 CC1c2c(-c3ccccc3)cc(C(=O)O)n2CCC1(C)C Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35736 CC12CCC3CCC(C(=O)O)(CC3C1)C2c1ccc2c(n1)CCCCO2 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35737 Cc1cc2ccc1CC1=NCc3cccc(c3N1)N(C)C(=O)CNC(=O)C2 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35738 Cc1cc(F)ccc1-c1cc(-c2c(C)ccnc2N)n2c1C(C)(C)CCC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35739 COC1CC2CCC3CCN1C32 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35740 Cc1ccc2c(n1)CC(=O)N(C)C2O Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35741 Cc1cccc2cc3c(nc12)C1C(=CC(C)C3)CC2CC1(C(=O)O)CCC2C Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35742 CC1c2ccccc2CC(=O)C1CCN Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35743 CCOC=C(C=CO[C@@H]1C=C[C@H](C)C1)c1cccc(O)c1 Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35744 Cc1ccccc1-c1cc(-c2cc(O)ccc2C)n2c1C1(C)CCCC1CC2 Pocket2Mol 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
35745 Cc1cccc2cc3c(nc12)C1C(=CC(=O)C3)CC2CC1(C(=O)O)CCC2C Pocket2Mol 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

35731 to 35745 of 73725 items. Total 4915 pages.