DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36526 Oc1cccc2c1OCOCC2 Pocket2Mol 4ZEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36527 CC(O)=C1CCN2C(=O)C3=Cc4c(nc5n4C[C@H]4[C@@H](C5)Nc5ccc(O)c6c5[C@@]4(O)OCC6=O)OC(=O)[C@@H]3C[C@@H]2O1 Pocket2Mol 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36528 COc1ccc2c(ncn3ncnc23)n1 Pocket2Mol 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36529 Nc1cc2c3c(ncn2n1)C(=O)N=C=C3 Pocket2Mol 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36530 COC(C)=C1CCN2C(=O)C3=Cc4c(nc5n4C[C@H]4[C@@H](C5)Nc5ccc(O)c6c5[C@@]4(O)OC=C6)OC(=O)[C@@H]3C[C@@H]2O1 Pocket2Mol 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36531 COc1cccc2c1OC1CC3C(=O)Oc4nc5n(c4C=C3C(=O)N1C2)CC1C(C5)Nc2ccc(O)cc2C1(O)O Pocket2Mol 5ZDB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36532 COc1ncnc2ccccc12 Pocket2Mol 5ZDB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36533 Cc1cc2cc([N+](=O)[O-])cc(O)c2[nH]c1=O Pocket2Mol 5DH4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36534 Cc1cc2cc([N+](=O)[O-])cc(O)c2cc1O Pocket2Mol 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36535 CC1=Cc2cc([N+](=O)[O-])cc(O)c2CC1=O Pocket2Mol 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36536 O=Cc1ccc2c(O)cc([N+](=O)[O-])cc2c1 Pocket2Mol 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36537 Cc1cnccc1-c1ccn[nH]1 Pocket2Mol 5DH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36538 O=Cn1c(Cc2ccc3c(c2)ONS(O)(O)O3)nc(=O)[nH]c1=O Pocket2Mol 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36539 OS1(O)NOc2cc(CC3=NCc4ccccc4N3)ccc2O1 Pocket2Mol 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36540 O=C1C=CC2=NCN=C(Cc3ccc4c(c3)ONS(O)(O)O4)N12 Pocket2Mol 5NXW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36526 to 36540 of 73725 items. Total 4915 pages.