DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36541 O=C1CCC2=NCN=C(Cc3ccc4c(c3)ONS(O)(O)O4)N12 Pocket2Mol 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36542 NS(=O)(=O)c1ccc2c(c1O)C(=O)N=C=N2 Pocket2Mol 5NXW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36543 O=C(O)Cc1cc(C2CCNC2=O)c2c(n1)=NC(C(=O)O)C=2 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36544 O=C(O)Cc1cc(O)c2c(c1)Oc1cc(O)ccc1O2 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36545 O=C(O)Cc1ccc2oc(=O)ccc2c1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36546 COC(=O)Nc1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(cccc23)OC(=O)C1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36547 COC(O)C1CC2(C(=O)N1C)c1ccccc1C(=O)N1CN=CC12 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36548 NC(=O)c1ccc(OC2C(=O)C(O)Cc3ccccc32)cc1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36549 CCCCn1c(=O)c2c3[nH]c(=O)ccc3cc3c2n(c1=O)CC=C3 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36550 Cc1cc2c(cn1)Cn1c(=O)[nH]c(=O)c3cccc(c31)C(=O)N(O)C2 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36551 CN1C=C2C(=O)c3ccc4c(c3C(=O)N2CC1=O)CNC(=O)N4 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36552 CNC(=O)C1N=C2N(C)CC(CCO)OC23C1=CCC(=O)N3C Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36553 CN1C=C2Cc3ccc4[nH]c(=O)ccc4c3C(=O)N2CC1=O Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36554 CCC1NC(=O)C2=NC3NC(=O)CN=C3C3=CC(C)OC1N32 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36555 O=C(O)CC1=C(C(=O)NC2OCC3OCCOC32)C2=NCCCN2N1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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