DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36556 COC(=O)Nc1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(c(C=O)ccc23)CCC1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36557 Cc1cc2c3c(c1)c1cc(O)c(C(=O)O)cc1c(=O)n3CCC2 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36558 CCCCNC(=O)c1c(NC(=O)O)[nH]c2ncccc12 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36559 CNC(=O)c1cc(OC)c2c(c1)c(=O)n1c3c(cccc23)CCC1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36560 Cc1cc2c3c(c1)c1ccc(C(=O)NC(=O)O)cc1c(=O)n3CCC2 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36561 Cc1cc2c3c(c1)c1ccc(CC(=O)O)cc1c(=O)n3CCC2 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36562 Nc1nc(N)c2c(n1)N=C=C2 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36563 CCC=C1CC(=O)N2CC3=C(/C=C\C=C(\C)C[C@H]2C1)CN(C)C3=O Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36564 CNC(=O)c1cc2c(=O)n3c4c(cccc4c2cc1O)CCC3 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36565 O=C1OCc2cc3c(O)cccc3c3c2c1cc1ccccc13 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36566 CC(=O)Nc1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(c(O)ccc23)C(O)CC1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36567 COC(=O)Nc1ccc2c(c1)C(=O)N1CC(=O)N3CCCCC3=C1C2 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36568 COC(=O)Nc1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(cccc23)N(C)C(=O)C1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36569 CC(=O)Nc1ccc2c(c1)C(=O)N1CC=CC=C1C2 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36570 COC1=CCN2C(=O)c3cc(NC(C)=O)ccc3NC2=C1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36556 to 36570 of 73725 items. Total 4915 pages.