DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
36601 COC1CN(C)C(=O)C2=Nc3[nH]c(C(=O)O)cc3CN21 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36602 CNC(=O)c1cc2c(=O)n3ccc(=O)c4cccc(c2cc1O)c43 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36603 Cc1cc2c(cn1)Cn1c(=O)[nH]c(=O)c3cccc(c31)/C=N\C2 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36604 CC(=O)c1cc(CC(=O)c2ccccc2)c2c(c1)C(=O)C(C)=NC2=O Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36605 CC(=O)Nc1ccc(OC2COCC(O)C2O)c2cccnc12 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36606 CC(=O)C1=C2Nc3ccc(C)cc3OC23C(=CCC(=O)N3C)C1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36607 CNC(=O)c1cc2c(=O)n3ccc(=O)c4cccc(c2nc1O)c43 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36608 CNC(=O)c1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(cc(C)cc23)CCC1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36609 CN1C(=O)C2(CC1C(O)O)c1ccccc1C(=O)N1CNC(=O)C12 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36610 COC(=O)Nc1ccc2c(c1)c(=O)n1c3c(cccc23)C(=O)CC1 Pocket2Mol 4AAW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36611 O=C(O)Cc1cc(O)c2c(c1)c(=O)n1c3c(cccc23)CCC1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36612 O=C(O)NC(=O)c1ccc2c(c1)c(=O)n1ccc(=O)c3cccc2c31 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36613 Cc1ncc(Cn2ccccc2=O)cn1 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36614 CNC(=O)c1cc2c(=O)n3c4c(cc(C)cc4c2cc1O)CCC3 Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
36615 O=c1[nH]c2ccccc2cc1CCCO Pocket2Mol 4AAW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

36601 to 36615 of 73725 items. Total 4915 pages.