Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3841	CNC(=O)N1CCC(c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc(-c3ccc(OC)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3842	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)c(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCCC5)C4)cc3F)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3843	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCCC5)C4)cc3F)c(C(=O)O)cn2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3844	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C4CCN(C5CCCCC5)CC4)cc3Cl)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3845	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCC5)C4)cc3F)cc(Cl)c2C)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3846	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCCC5)C4)cc3F)cc(O)c2OC)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3847	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(F)c4)cc3)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3848	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NC4CCC(C)(C)C4)cc3F)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3849	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)c(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CC5)C4)cc3F)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3850	COc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)c(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCC5)C4)cc3F)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3851	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc(C3CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3852	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(NS(C)(=O)=O)c4)cc3)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3853	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(c5ccc(F)cc5)C4)cc3F)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3854	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CC5)C4)cc3F)c(C(=O)O)cn2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3855	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc(C3CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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