DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3901 NC(N)=Nc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(=O)NC4CCNC4=O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3902 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(CN3CCCCC3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3903 NC(=O)S(=O)(=O)NC(=O)c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3904 NC(=O)CC(=O)NC1CCC(c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3905 NC(N)=Nc1cc(N2CCOCC2)c(-c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1Cl AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3906 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(N3CCN(C(=O)NC4CC4)CC3)c(C(F)(F)F)cn2)cc1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3907 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(CNC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc2F)cc1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3908 NC(N)=NC(=O)c1cc(O)c(-c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c(O)c1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3909 NC(N)=Nc1cccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3cccc(Oc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)CC2)c1 AlphaDrug 4JXS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3910 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(-c3ccc(NC(=O)c4cccc(F)n4)cc3)c2)cc1O/C=C/N1CCOCC1 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3911 CN(c1ccc(-c2cnc(N)c(-c3ccc(S(C)(=O)=O)cc3)n2)cc1)c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3912 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(-c3ccc(NC(=O)C4CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3913 Cc1ccc(NC(=O)NC2C=CCCC2NC(=O)c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3914 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(-c3ccn4nc(C)c(=O)n4n3)c2)cc1 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3915 Cc1ccc(NC(=O)c2cccc(-c3ccc(NC(=O)OC(C)(C)C)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 6IBK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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