Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3931	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6c5)CC4)c3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3932	Cc1ccc(-c2cc(N3CCN(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6c5)CC4)CC3)nc(NC(C)(C)C)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3933	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC(=O)NC4CCN(C(=O)c5ncccc5C)CC4)c3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3934	Cc1ccc(-c2cccc(NC(=O)NC3CCCN(c4ccc(C(=O)NC5CC5)cc4)C3=O)c2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3935	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc(C(=O)c6ccccc6)cc5)CC4)c3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3936	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6n5)CC4)c3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3937	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(NC(=O)NC4CCN(C(=O)c5cccc(-c6cccnc6)c5)CC4)c3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3938	Cc1ccc(-c2cc(N3CCN(C(=O)NC4CCN(C(=O)c5ccc6ccccc6c5)CC4)CC3)nc(N)n2)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3939	Cc1ccc(-c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c3)ccc2N)cc1	AlphaDrug	4ZV2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3940	Cc1cc(-c2cccc(NS(=O)(=O)CC(C)C)c2)ccc1C(=O)N1CCCC1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3941	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCC(C4CCCC4)CC3)c3cc(Cl)ccc23)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3942	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)ccc3-c3ccc(C4CC4)cc3)cc2)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3943	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCC(C4CCC4)C3)c3ccccc23)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3944	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCC(N4CC(O)C4)CC3)cc2)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3945	CC(C)CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(=O)N3CCCC3C(=O)N3CCCC3)cc2)c1	AlphaDrug	5ULA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

3931 to 3945 of 73725 items. Total 4915 pages.