Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
3871	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)/N=C/C4CC(O)CN(C5CCCC5)C4)cc3F)cc(F)c2C)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3872	CC12CCN(C1)C(=O)CN(C(=O)O)CCC(CCCc1ccc(-c3cccc(S(C)(=O)=O)c3)cc1)C2	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3873	COc1ccc(-c2cc(C(=O)N3CCN(C4CCCC4)CC3)c(C3CC=CCC(=O)N3)cn2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3874	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(c5ccccc5)C4)cc3F)cc(C3CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3875	COc1ccc(-c2ccc(CC3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2C(=O)N2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3876	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3877	COc1ccc(-c2ccc(C3CC3)c(C(=O)N3CCN(C4CC=C(c5cccc(C(=O)O)c5)CCC4)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3878	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc(-c3cccc(C(=O)O)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3879	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)cc3)cnc2C)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3880	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(=O)NCC(O)C4)cc3F)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3881	COc1ccc(-c2cc(Cc3nc(-c4ccc(C)cc4)[nH]c3C)nc(C3CCN(C(=O)C(C)(C)C)CC3)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3882	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4ccc(F)c(F)c4)cc3)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3883	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(C)CN(C(=O)C5CC5)C4)cc3F)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3884	COc1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc(C5CC5)c4)cc3)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
3885	COc1ccc(-c2cc(Cc3c(F)cc(C(=O)NCC4CC(O)CN(C5CCCC(C)(C)C5)C4)cc3F)cc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4BEL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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