DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
3961 CC1(C)/C=C/C(Cc2cccc3ccccc23)NC(=O)c2ccc(cc2)CN(S(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3962 CC1(C)CCC(Cc2ccc(-c3ccccc3)nc2)NC(=O)c2ccc(cc2)CN(S(=O)(=O)c2ccccc2)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3963 CC1(C)CCN(Cc2ccc(C(=O)NC(Cc3ccc(N4CCCC4)nc3)C(=O)NCCO)cc2)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3964 CC1(C)CN(c2cccc(C(F)(F)F)c2)Cc2ccc(cc2)C(=O)c2ccc3c(c2)CCC(O)(CO3)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3965 CC1(C)Cc2cc(OCCOc3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc2S(=O)(=O)N(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3966 CC1(C)/C=C/C(Cc2ccc(-c3ccccc3)nc2)NC(=O)c2ccc(cc2)CN(S(=O)(=O)c2ccc3c(c2)CCCCCC3)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3967 CC1(C)CN(Cc2ccc(C(=O)NC(Cc3cccc4ccccc34)C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)C1 AlphaDrug 3WZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3968 CN1C(=O)c2ccc(C(F)(F)F)c(c2)CN(c2ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c2)CC(C)(C)C1(C)C AlphaDrug 3WZ6 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3969 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCc3[nH]c(=O)[nH]c3C2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3970 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(C)c(N)c2)C(O)CNc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3971 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(COC(C)C)C(O)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3972 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(C)c3ccccc23)C(O)CNC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6JBB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3973 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(C)c(N)c2)C(O)C(C)(C)NC(=O)OCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3974 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(C)c(NC(=O)NC3CCCCN3)c2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
3975 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCc3[nH]c(=O)[nH]c3C2c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6JBB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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