DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4021 CC1CN(C(=O)CN2CCC(C(=O)NC(C)(C)C)CC2)CCN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4022 CC1CN(C(=O)c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CCO1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4023 CC1CN(C(=O)C(N)=O)CCN1C(=O)c1ccc2c(c1)-c1ccc(Cl)cc1CC2 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4024 CC1CN(C(=O)c2ccc3cc[nH]c3c2)CCN1C(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4025 C/C(=C/C(=O)NCC(=O)N1CCC(C(=O)NC(C)(C)C)CC1)N1CCN(C(=O)c2ccc3ccccc3c2)C(C)C1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4026 CC1CN(C(C)(C)C)CCN1C(=O)c1ccc2ccccc2n1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4027 CC1CN(C(=O)c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)c1cc2c(Cl)cc(Cl)cc2[nH]1 AlphaDrug 5CEQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4028 NC(N)=NCCCC(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)ccc1Cl)C(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4029 NC(N)=NCCCC(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2C(F)(F)F)c(Cl)cc1Cl)c1nc2ccccc2o1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4030 Cc1nn(C)c2cccc(-c3cc(C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)c4ccccc4)c(Cl)cc3Cl)c12 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4031 NC(N)=NCCCC1CCN1C(=O)C1CCC(NC(=O)NC2CCCN(C(=O)OC(CCn3c(=O)ccc4ccccc43)C(=O)O)C2)CC1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4032 NC(N)=NCCCC(NC(=O)OCc1cccc(NS(=O)(=O)c2cccc(N3CCCC3)c2)c1)C(=O)N1CCC(N2CCC(=O)NC2=O)CC1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4033 NC(N)=NCCCC(NC(=O)c1cc(C(=O)N2CCC(N3CCCC3)CC2)cc(-c2ccccc2)c1)C(=O)O AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4034 O=C(Nc1ccc(O)cc1)c1cc2cc(C(F)(F)F)ccc2cc1OC(F)(F)F AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4035 Cc1ccc(C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)N2CC=C(NC(=O)C3CCc4ccccc4C3)CC2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

4021 to 4035 of 73725 items. Total 4915 pages.