DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4036 NC(N)=NCCc1cccc(C(=O)N2CCC(NC3CCCC3)CC2)c1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4037 NC(N)=NCC(NC(=O)c1cc(Cl)cc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)n2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 6CDO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4038 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)NC3CCCCC3NC(=O)c3ccc(O)c(O)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4039 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(O)c(-c4ccncc4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4040 CC1(C)CCC(c2cc(-c3ccc(C(=O)NC4CCCCCC4)cc3)ccc2O)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4041 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3cccc(O)c3)c3ccc(O)c(Cl)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4042 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-c3[nH]c(=O)c(C(=O)O)c(O)c3-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4043 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(-c4ccc(=O)[nH]c4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4044 Cc1cccc(O)c1-n1c(-c2ccccc2)nc2c(C(=O)O)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc21 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4045 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C3(c4ccccc4)C(=O)NOC3=O)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4046 Cc1ccc2cc(-c3ccc(C(=O)N4CCC(C(=O)O)CC4)c(Cl)c3)ccc2n1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4047 Cc1cccc(-c2nc(-c3cccc(OC(F)F)c3)c(-c3ccccc3)s2)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4048 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(O)c(Cl)c3)c3ccc4cc(C#N)ccc4c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4049 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-n3nnc(-c4ccccc4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4050 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(=C2c3ccccc3-c3c(Cl)c(Cl)cc(F)c32)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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