DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4066 Cc1cccc(C2(NC(=O)NC(=O)c3ccc4cn(CCc5ccc(C(=O)O)cc5)c(=O)c(Cl)c4c3)CCCC2)c1 AlphaDrug 6MQF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4067 Cc1cccc(-c2cccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)N4CCOCC4)c(O)c3)c2)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4068 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(O)c(F)c3)c3cccc4c(Cl)cccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4069 Cc1cccc(Oc2ccc(C(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4C(=O)O)c3)cc2)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4070 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(C(F)F)C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4071 Cc1cccc(-c2ccc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccc(-c5ccccc5)cc4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4072 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(O)c(F)c3)c3ccc(O)c4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4073 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(O)c(Cl)c3)c3ccc(O)c4cccnc34)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4074 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-n3nnnc3-c3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4075 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(O)c(Cl)c3)c3ccc(O)c(Cl)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4076 Cc1ccc(O)c2nc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)nc(-c3ccc(C#N)cc3)c12 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4077 Cc1cccc(-n2cc(C(=O)Nc3ccc(-c4ccccc4)cc3)c3ccccc32)c1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4078 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-n3cc(C(=O)NCC(=O)O)nn3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4079 Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(Oc2ccc(-c3cc(=O)n(CC(O)C(=O)O)c4ccccc34)cc2)CC1 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4080 Cc1ccc(O)c2c(C3(O)CCC(c4ccc(Oc5ccc(F)cc5F)cc4)N(CC(=O)O)C3)cccc12 AlphaDrug 6MQF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

4066 to 4080 of 73725 items. Total 4915 pages.