Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4111	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(C(=O)NO)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4112	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(-n3nnc4ccccc43)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4113	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2cc(C(=O)NC3CCC(C(=O)O)CN3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4114	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1C=C/C(=C2/C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc32)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4115	Cc1cc(NC(=O)C(O)(c2ccc(C3CCN(C(=O)c4c(C)cccc4O)CC3)cc2)C(F)F)ccc1O	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4116	Cc1cccc2c1CCC(C(=O)Nc1ccc3cn(Cc4ccc(C(=O)O)cc4)c(=O)c(Cl)c3c1)C(=O)N2	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4117	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(CCc3ccc(Cl)cc3)c3ccc(O)c(O)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4118	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1C=CC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(OC(F)(F)F)c(O)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4119	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1C=CC(c2cc(C(=O)O)c(Cl)cc2-n2ccnc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4120	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(C(=O)c3cccc4ccccc34)C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4121	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(C(=O)O)c(O)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4122	CC1(C)CCC(c2cc(-c3ccc(C(=O)NC4CCOC4)cc3)ccc2O)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4123	COc1cc2c(C(O)(c3ccc(C4CCN(C(=O)c5c(C)cccc5O)CC4)cc3)c3ccc(O)c(O)c3)ccc(O)c2cc1OC(F)(F)F	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4124	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(c2ccc(C(O)(c3ccc(Cl)cc3)c3ccc(O)c(F)c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6MQF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4125	Cc1cccc(O)c1C(=O)N1CCC(=C2CCc3cc(C4=C(c5ccccc5)C(=O)NC4=O)ccc32)CC1	AlphaDrug	6MQF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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