DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4156 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc(F)c(-c4cc(N)nc(N)c4Cl)n3)cc2)CCN1 AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4157 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5cccc(OCc6ccccc6)n5)c(F)cc4n3)cc2)CCN1 AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4158 COc1nc2nc(Nc3ccc(N4CCNC(C)(C)C4)cc3)ncc2nc1-c1ccccc1 AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4159 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5cccc(OCc6ccccc6)n5)c(F)cc4n3)cc2)CCN1 AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4160 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5ccccc5)c(OCCO)nc4n3)cc2)CC1O AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4161 CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4[nH]nc(-c5ccc(C#N)cc5)c4n3)cc2)CC=N1 AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4162 C#Cc1nc(C#Cc2cc(Cl)cc(N3CC(N)C(C)(C)C3)c2)cnc1N AlphaDrug 5H8G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4163 CN1CCN(c2cccc3c2nc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)n3-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4164 CC(C)(C)c1ccc(-c2noc(NC(Cc3ccccc3)C(=O)O)n2)cc1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4165 CC(C)(C)c1ccc(-c2noc(-c3ccc(C(=O)NCCCCCCC(=O)O)s3)c2N)cc1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4166 CN1CCN(c2cccc(-c3nc4c(N5CCN(C)CC5)cccc4n3-c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4167 CC1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(N(C)C)cc3)cc2)CCO1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4168 COCCNC(=O)c1ccc(-c2cc3c(C)cnc(N)c3[nH]2)cc1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4169 CN1CCN(c2cccc3c2nc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)n3-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CC1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4170 C=C1CC2(NC(=O)c3ccc(S(N)(=O)=O)cc3)CCC(C(C)C)C2C1O AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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