DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4201 O=C(Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)OC3CCCC(F)(F)CC3)cc2)cc1)NC1CCC(O)CC1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4202 O=C(OC1CCCC(F)(F)CC1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4203 CC(NC(=O)N1CCCc2nc(-c3ccccc3)ccc21)c1ccccc1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4204 CC(C)N(c1cc(-c2ccc(C(=O)N3CC=Cc4ccccc43)cc2)cc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1O)C1CC=CCCC1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4205 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4206 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCc4ccccc43)cc2)on1)C(C)(C)C AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4207 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1ccc(F)c(OCC(=O)O)c1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4208 Cc1ccccc1Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NC(C)c3ccccc3)no2)cc1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4209 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1ccc(C(C)(C)O)cc1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4210 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CC=CCCC3)cc2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)c(Cl)c1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4211 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)on1)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4212 CC(NC(=O)c1cc(-c2ccco2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5N25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4213 CNC(=O)c1ccc(C2CCC(N3CCN(N/N=C(\C)c4cccc(C(=O)O)c4)CC3)CCOC2)cc1 AlphaDrug 5VAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4214 C/C(=N\NN1CCCCC(c2ccc(C(=O)O)cc2)OCc2ccccc21)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5VAR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4215 CCOc1ccc(NC(=O)c2ccccc2)cc1/C(C)=N/NN1CCCN(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)C1=O AlphaDrug 5VAR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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