DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4186 Cc1ccc(C2CC(C)CCC2NC(=O)c2ccc(F)cc2)cc1OC1CC1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4187 CC1CCC(C(=O)Nc2ccc(F)cc2)CN(c2cccc3cccnc23)C1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4188 Cc1ccc2[nH]c(C3CCC(C)N(C(=O)c4ccc(F)c(F)c4)C3)nc2c1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4189 Cc1ccc2[nH]c(C3CCC(C)N(C(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)C3)nc2c1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4190 CC1CCC(c2nc3ccccc3o2)CN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4191 CC1CCC(c2cc3cc(OCC(F)(F)F)ccc3[nH]2)CN1C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4192 Cc1ccc2[nH]c(C3CCC(C)N(C(=O)c4ccccc4)C3)nc2c1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4193 Nc1nc(N2CCCCC2CC(=O)NCC(=O)N2CCC(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)ncc1C(=O)NC1CCCC(F)(F)C1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4194 O=[N+]([O-])c1cc(-c2nn(-c3cc(F)cc(NS(=O)(=O)c4ccccc4C(F)(F)F)c3)c3ccccc23)ccc1O AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4195 O=C(CC1CCCCN1c1ccc(C(=O)OC2CCCC(F)(F)CC2)c(F)n1)NCC(=O)N1CCC(C(=O)NCc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4196 O=C(NCCC(F)(F)F)SCc1ccc(-c2ccc(C(=O)OC3CCCC(F)(F)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4197 O=C(NC1CCCC(F)(F)C1)c1cc(Cl)cc2ccccc12 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4198 O=C(OC1CCCC(F)(F)CC1)c1ccc(-c2nc(-c3cncc(Cl)c3)no2)cc1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4199 O=C(Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)OC3CC=CC(F)(F)CC3)cc2)cc1)NCc1ccccc1C(F)(F)F AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4200 O=C(Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)OC3CCCC(F)(F)CC3)cc2)cc1)NNCc1ccccc1 AlphaDrug 4M0Y ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

4186 to 4200 of 73725 items. Total 4915 pages.