Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4141	Cc1cc(-c2ccncc2)cc2nc(NCc3cccnc3)c(=O)[nH]c12	AlphaDrug	5VB7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4142	Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1cc(C)c2c(c1)nc(Nc1ccc3cc(C(=O)NC4CC4)ccc3c1)n2C	AlphaDrug	5VB7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4143	Cc1ccc(-c2cc(-c3cc(Cl)ccc3Cl)nn2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4144	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)nn2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4145	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(-c4cccc(Cl)c4)c3)nn2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4146	O=C(NC1CCc2nc(-c3ccccc3)nc(-c3ccc(Cl)cc3)c2C1)C(O)c1ccc(F)c(O)c1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4147	Cc1cccc(-c2cnc(C3CCN(C(=O)C4CCCC4)CC3)cc2-c2ccc(C(=O)O)cc2)c1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4148	COc1ccc(-c2cc(OCc3ccccc3)cc3ccccc23)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4149	Cc1ccc(-c2cc(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)nn2-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4150	Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)nn2-c2ccc(C(=N)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4151	Cc1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)nc3nc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cnc23)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4152	Cc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)nc3C(=O)NO)cc2)cc1	AlphaDrug	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4153	CC1(C)CN(c2ccc(NC3=NN4C(=CC(c5ccc6ccccc6c5)=NC(C#N)=C4Cl)C=N3)cc2)CCN1	AlphaDrug	5H8G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4154	CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5cccc(OCc6ccccc6)c5)c(F)cc4n3)cc2)CCN1	AlphaDrug	5H8G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4155	CC1(C)CN(c2ccc(Nc3ncc4cc(-c5cccc(OC(F)F)c5)c(Cl)cc4n3)cc2)CCN1	AlphaDrug	5H8G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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