DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4171 CC(C)(C)c1ccc(-n2c(C(=O)O)nc3c(C#Cc4cnc(-c5cncnc5)cc4N)cccc32)cc1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4172 Cn1cc(-c2ncc(Cc3cccc(OCC(=O)O)c3)n2-c2ccc(C(C)(C)C)cc2)cn1 AlphaDrug 5IA4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4173 Cc1cc(C(NC(=O)c2ccc(C#N)cc2)c2cccc(OCC(=O)O)c2)ccc1C(=O)C(C)(C)c1ccccc1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4174 CC(C)(C)OC(=O)NCc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)Nc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4175 Cn1ccc2c(C(C)(C)C(=O)c3ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc3)cn(CCCCO)c21 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4176 CC(C)(C(=O)O)c1ccc(C(=O)C(C)(C)c2nnc(-c3cccc(OCC(F)(F)F)c3)s2)cc1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4177 CC(C)CNC(=O)CN1C(=O)c2cc(C(C)(C)C(=O)c3ccc(-c4cc5ccccc5o4)cc3)ccc21 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4178 CC(=O)OCC(=O)Nc1cc(-c2ccc3c(c2)OCC3)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4179 CC(C)(C(=O)O)c1ccc(C(=O)C(C)(C)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4180 CC(C)(C(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc2cc(C(=O)OCc3ccccc3)ccc2o1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4181 CC(C)c1cc(-c2cc(F)c(NC3CCCCCC3)c(NC3CC=CCCC3)c2)no1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4182 CC(C)(C(=O)c1ccc(C(CC(=O)O)C(=O)O)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4RIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4183 CC1CCC(c2ccc3ccccc3c2)CN1C(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4184 CC1CCC(c2cc3cc(C(C)(C)C)ccc3o2)CN1C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4185 CC1CCC(Oc2ccc(C(F)(F)F)cn2)CN1C(=O)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6MG5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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