Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4231	O=C(CN1C(=O)Cc2ccc(-c3ccccc3)cc21)N1CCN(c2ccc(F)cc2)CC1	AlphaDrug	4OZJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4232	Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(Cl)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4233	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(-c2cccc(O)c2)c1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4234	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cn(-c2ccccc2)c2ccccc12	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4235	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)OCc1ccccc1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4236	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)C(=O)NCc1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4237	CC(C)(CNC(=O)c1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(OCC2CC2)c1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4238	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(C(=O)OCC2CCCCC2)c1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4239	CC(C)(C)NC(Cc1cnccc1Cl)C(=O)NS(=O)(=O)c1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4240	CC(C)(C)NC(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)NS(=O)(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1C(F)(F)F	AlphaDrug	4Z1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4241	CCC(CC(=O)N1C=CC(NC(=O)c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1)c1cccc(N)c1	AlphaDrug	6G2B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4242	CCC(CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cccc3c(C)cccc23)CC1)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	6G2B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4243	CCC(CC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cccc3c(C)cccc23)CC1)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6G2B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4244	CCC(/C=C/C(=O)OC1CC(C)(C)C1=O)CC(=O)N1CCC(Oc2ccccc2Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	6G2B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4245	CCC(CC(=O)N1CCC(NS(=O)(=O)c2ccc(C)c(C)c2)CC1)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	6G2B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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