DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4291 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cccc(O)c3CC2O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4292 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3c[nH]c(=O)c(O)c3CCC(O)CO2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4293 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(OCCC4CCCCC4)ccc3O2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4294 CC(O)C(O)c1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2CC(O)c2cccc(OCC(F)(F)F)c2)cc(O)c1O AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4295 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)ccc3CC(O)CO2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4296 CC(O)C(O)c1cc(C2CCCCC2)cc(O)c1OCC(O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4297 Cc1cc(O)cc(C(O)CN2CCC3(CCC(C)(C)C3)Oc3ccc(C(=O)O)cc32)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4298 Cc1cc(O)cc(C2CC(O)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC2O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4299 Cc1cc(O)cc(C2CCc3c(cc(O)c4c3CCCCC4)C(O)C(N)CC2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4300 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C3OOC4=C3/C(=N\2)C2=C(CC(=O)COC2)C(O)=C4O)c1 AlphaDrug 4RV4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4301 Cc1cc(O)cc(C(O)CC2CCC3(CCCC3)C(O)Cc3cc(O)c(O)cc3C(O)CC(O)C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4302 Cc1cc(O)cc(C2CC(O)C(O)c3cc(OCC4CCCCC4)ccc3O2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4303 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(OCO)cc3C2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4304 Cc1cc(O)cc(C2CCC(N)C(O)c3cc(O)c(O)cc3CC(O)CO2)c1 AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4305 CC(O)C(O)c1cc(-c2cc(OCC3CCCCC3)cc(C3CCCN(C(=O)CC(=O)O)C3)c2)cc(O)c1O AlphaDrug 4RV4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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